Unidad de Genómica

La Unidad de Genómica del CIMA ha sido creada para dar respuesta a esa demanda creciente de secuenciación por parte de los investigadores del CIMA y sus colaboradores. En un experimento tipo, el material genético que se desea secuenciar sea este RNA en forma de cDNA o DNA procedente de células o tejidos, requiere de una amplificación y adición de secuencias índice para generar las llamadas libraries que permitirán la secuenciación conjunta de distintos experimentos al mismo tiempo, en la misma celda de flujo. Esas librerías se introducen en el secuenciador. Los índices permiten entonces des-multiplexar las secuencias y tras un riguroso control de calidad se elaboran unos archivos de secuencias con los que el investigador mismo o la Bioinformática alinea y analiza para obtener el resultado biológico correspondiente a la aplicación o experimento.

  • Técnicas que ofrece actualmente la Unidad de Genómica

    1. Secuenciacion de RNA (RNA-seq).

    Secuenciación de RNA 3’

    - Aplicación: Análisis de expresión génica de RNA poliadenilados.
    - Profundidad estándar: 10 millones de lecturas por muestra de 100 bp por lectura.
    - Ventajas:

    1. Alta sensibilidad y eficiencia para muestras con poca cantidad de RNA.
    2. Puede hacerse directamente en células sorteadas o recogidas en Lysis Binding Buffer (ThermoFisher A33562), sin necesidad de previa purificación de RNA.
    3. Tolera un cierto nivel de degradación de RNA.
    4. Cuantificacion de cambios de expresión génica con alta resolución a bajo coste.

    2. Secuenciación Genómica.

    Whole Genome Sequencing

    - Aplicación: detección de variantes genéticas relacionadas con enfermedad o fentipo.
    - Profundidad:  se ofrece una profundidad estándar a  30X (humano) y 40X (ratón) pero se puede aumentar o disminuir según la preferencia del usuario.
    - Ventajas: identificación de variaciones (Mutaciones, SNPs, CNVs, traslocaciones, delecciones, etc) en regiones codificantes y no codificantes.

    3. Secuenciación de librerías ya preparadas por el usuario.

    Tipos de librerías aceptadas

    - Sc-RNAseq (10X Chromium) ~ 50K reads/ celula (en una muestra de 8K células).
    - MARS-Seq (Illumina).
    - Exomas (Illumina).
    - ChIP-seq (Illumina).
    - ATAC-Seq (Nextera).

  • Técnicas que se encuentran en desarrollo por la Unidad de Genómica

    Las siguientes técnicas están actualmente en la última fase de desarrollo por parte de la Unidad de Genómica del CIMA, y estarán disponibles en un plazo corto (1-2 meses):

    1. Low-input and Ultra-Low Input Full Lenght RNA-seq.

    2. Stranded Full-length RNA-seq.

    3. Exome sequencing.

  • Instrucciones en 3 pasos para enviar trabajos a la Unidad de Genómica

    a) El tiempo de espera para recibir los resultados es de 5 semanas.
    b) A partir de la semana del 12 de octubre de 2020 no se aceptan muestras para RNAseq 3´ hasta nuevo aviso.
    c) Si las muestras a procesar no son de ratón o humano deben hablar primero con Mikel Hernáez mhernaez@unav.es

    > PASO 1: Rellenar el formulario de presupuesto.

    a. Rellenar este formulario en el que expone el tipo de experimento que quiere hacer.
    b. Utilizar en todo momento el usuario de correo unav del investigador principal, asociado a una cuenta.
    c. Enviarlo a ngs_cima@unav.es con el titulo “usuario_presupuesto” (p.ej. “jgarcia_presupuesto”).
    d. l usuario recibirá una respuesta con una propuesta económica y un código de trabajo.

    > PASO 2: Rellenar el formulario de pedido y el sample datasheet indicando el código de trabajo en los dos documentos. Enviar el formulario y sample datasheet a ngs_cima@unav.es, indicando en el sujeto del correo “usuario_codigo_de_trabajo”. (p.ej. “jgarcia_R20-0967”).

    > PASO 3: Imprimir el sample datasheet y bajar las muestras a la Unidad 1.41, en el horario de 9.30-10.00 y 13 a 13.30 horas.

    a. RNAseq: Normalizar la concentración de RNA de todas las muestras a 10 ng/uL en un volumen de 30 uL de buffer 10 mM TRIS pH7.5 o buffer TE.

    • Si no es posible llegar a 10 ng/ul, normalizar la concentración de todas las muestras a la concentración de la muestra más diluida.

    b. Genomas: Normalizar la concentración de DNA de todas las muestras a 50 ng/uL en un volumen de 20 uL de buffer 10 mM TRIS pH 8 o buffer TE.

  • ¿Qué esperar de la Unidad?

    1. El usuario recibirá feed-back del formulario de presupuesto, una vez debidamente rellenado y enviado, con una propuesta de experimento y coste por muestra.

    2. La Unidad permanecerá en contacto durante el proceso de secuenciación, informando de posibles incidencias. En el caso de que las muestras (por low input o alto nivel de degradación) no sean adecuadas para secuenciación, se informará de inmediato al usuario y se facturará el precio relativo al proceso de purificación y cuantificación (55 Eur/muestra).

    3. La Unidad informará al usuario cuando los datos estén procesados y enviará el correspondiente informe del proceso.

    4. Los datos serán almacenados en la carpeta datos/intercambio/ngs/usuario/nexperimento/. Los archivos incluidos por defecto son: Fastq, FASTqc reports y métricas de calidad del proceso (stats).

    5. Para facilitar el avance de los proyectos, en el correo de envío del informe de calidad al final de cada run de secuenciación se pondrá en copia al Servicio de Bioinformática, que, por defecto, tendrá acceso inmediato a los archivos fastq. De este modo, una vez se definan los objetivos del análisis con el personal del Servicio de Bioinformática, se podrá proceder al análisis de las secuencias. La Unidad de Genómica no ofrece análisis bioinformático.

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