Bioinformática

Su principal objetivo es contribuir al desarrollo de los proyectos de investigación que se llevan a cabo en el CIMA. Para ello se ofrece un apoyo completo en el desarrollo de cualquier experimento en el que se estudie el DNA o RNA a escala masiva tanto de humano como de otros organismos. Las tareas que se realizan incluyen:

  1. Diseño experimental. Asesoramiento para decidir el tamaño muestral, el diseño del estudio y la planificación de la metodología.

  2. Análisis de datos. Se realiza el procesado bioinformático de los datos obtenidos en diversas plataformas tecnológicas de alto rendimiento empleadas en el ámbito de la genómica y la proteómica (microarrays, secuenciación, PCR, etc.). En estos análisis se incluye la normalización, el análisis estadístico y la representación de los resultados. Los análisis más habituales son:

    1. Expresión diferencial de genes, miRNAs o lncRNAs. La tecnología de procedencia de los experimentos puede ser microarrays (Affymetrix, Agilent), PCRs masivas (TLDAs de Applied Biosystem) o RNA-seq (Illumina, Ion Torrent).

    2. Estudios de genotipado y de variación del número de copias del DNA mediante microarrays (Affymetrix) o secuenciación del DNA (Illumina).

    3. Caracterización de splicing alternativo a partir de los datos obtenidos en experimentos de microarrays (Affymetrix) o RNA-seq (Illumina).

    4. Interacciones proteína-DNA a partir de experimentos de inmuprecipitación y microarrays (ChIP-chip) o secuenciación (ChIP-seq).

    5. Patrones de metilación de DNA en experimentos con microarrays (Illumina Infinium).

Más recientemente se han desarrollado protocolos de análisis de datos de proteómica de alta resolución shotgun y semicuantitativos.

3. Ayuda a la interpretación de resultados. Una vez seleccionados los genes de interés se realizan estudios de asignación biológica-funcional. Este tipo de análisis puede ser muy amplio y variará en función de los objetivos específicos de cada estudio. 



"Nuestra Unidad tiene un necesario objetivo de innovación tecnológica que se realiza en el marco de proyectos nacionales e internacionales", Dr. Fernando Corrales, director de la plataforma.

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