Bioinformática

Su principal objetivo es contribuir al desarrollo de los proyectos de investigación que se llevan a cabo en el CIMA. Para ello se ofrece un apoyo completo en el desarrollo de cualquier experimento en el que se estudie el DNA o RNA a escala masiva tanto de humano como de otros organismos. Las tareas que se realizan incluyen:

  1. Diseño experimental. Asesoramiento para decidir el tamaño muestral, el diseño del estudio y la planificación de la metodología.

  2. Análisis de datos. Se realiza el procesado bioinformático de los datos obtenidos en diversas plataformas tecnológicas de alto rendimiento empleadas en el ámbito de la genómica y la proteómica (microarrays, secuenciación, PCR, etc.). En estos análisis se incluye la normalización, el análisis estadístico y la representación de los resultados. Los análisis más habituales son:

    1. Expresión diferencial de genes, miRNAs o lncRNAs. La tecnología de procedencia de los experimentos puede ser microarrays (Affymetrix, Agilent), PCRs masivas (TLDAs de Applied Biosystem) o RNA-seq (Illumina, Ion Torrent).

    2. Estudios de genotipado y de variación del número de copias del DNA mediante microarrays (Affymetrix) o secuenciación del DNA (Illumina).

    3. Caracterización de splicing alternativo a partir de los datos obtenidos en experimentos de microarrays (Affymetrix) o RNA-seq (Illumina).

    4. Interacciones proteína-DNA a partir de experimentos de inmuprecipitación y microarrays (ChIP-chip) o secuenciación (ChIP-seq).

    5. Patrones de metilación de DNA en experimentos con microarrays (Illumina Infinium).

Más recientemente se han desarrollado protocolos de análisis de datos de proteómica de alta resolución shotgun y semicuantitativos.

3. Ayuda a la interpretación de resultados. Una vez seleccionados los genes de interés se realizan estudios de asignación biológica-funcional. Este tipo de análisis puede ser muy amplio y variará en función de los objetivos específicos de cada estudio. 

Proyectos activos

  • Proyectos de I+D en Salud. AES 2013 a Plataformas de Apoyo a la Investigación en Ciencias y Tecnologías de la Salud

    Convocatoria: Proyectos de I+D en Salud. AES 2013 a Plataformas de Apoyo a la Investigación en Ciencias y Tecnologías de la Salud.
    Título: “Plataforma de recursos biomoleculares y bioinformáticos, PRB2”.
    Referencia: PT13/0001/0002.
    I. P.: Victor Segura.
    Duración: 4 años (prorrogado un año más).
    F. Inicio: 01/01/2014       F. Fin: 31/12/2018
    Subvención: 345.100 €
    Financiado: Por el Instituto de Salud Carlos III y cofinanciado por el Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER) “Una manera de hacer Europa”.

    Resumen:

    Biomedical innovation in the 21st century depends to a great extent on the easy
    access to sophisticated omics and bioinformatics technologies and on the
    availability of large numbers of biological samples and/or its associated data. Being
    aware of this urgent need and to support the development of the molecular
    medicine, the Spanish government has committed itself to create outstanding
    technology platforms that provide cutting edge technologies and knowhow to the
    R&D system.

    To this end, the Biomolecular and Bioinformatics Resources Platform (Plataforma
    de Recursos Biomoleculares y Bioinformáticos, PRB2) has been created with a
    structure that consists of three technology platforms - ProteoRed (proteomics),
    CeGen (genomics), INB (bioinformatics) - and two biobanks: BNADN (DNA bank)
    and BNLC (cell lines bank).

    The PRB2 entangle different complementary disciplines that allow the efficient
    management of complex investigations in biomedicine. State of the art technology
    is offered to the scientific community in a comprehensive manner, always with the
    support of top scientist in their respective specialties, who facilitate the design of the experiment, the analytical process as well as the data processing and
    interpretation. This multidisciplinary configuration enables the study of human
    biology in health and disease from a systems biology perspective, leading to a
    better understanding of complex pathogenic mechanisms and based on them, to
    the identification of novel biomarkers and therapeutic targets. Therefore, the PRB2
    democratizes the utilization of challenging technology within the biomedical and
    medical communities paving the way to the development of innovative clinical
    interventions customized to the necessities of each patient according to their
    molecular profile.

"Nuestra Unidad tiene un necesario objetivo de innovación tecnológica que se realiza en el marco de proyectos nacionales e internacionales", Dr. Víctor Segura, responsable de la plataforma.

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